Des chercheurs découvrent que les moisissures environnementales résistantes aux médicaments sont capables d’infecter les gens

Les chercheurs ont découvert six cas de personnes infectées par une forme résistante aux médicaments d’un champignon appelé Aspergillus fumigatus qui pourrait être attribuée à des spores présentes dans l’environnement. Leurs conclusions utilisent des échantillons d’Angleterre, du Pays de Galles, d’Écosse et d’Irlande, et sont publiées dans Microbiologie naturelle.

Aspergillus fumigatus est une moisissure environnementale qui peut provoquer une maladie pulmonaire fongique. Alors que les personnes ayant des poumons sains éliminent les spores inhalées, les personnes souffrant de maladies pulmonaires ou d’un système immunitaire affaibli ne le peuvent parfois pas, ce qui signifie que les spores peuvent rester dans les poumons et provoquer une infection appelée aspergillose. L’aspergillose touche 10 à 20 millions de personnes dans le monde. L’infection est généralement traitée avec un médicament antifongique, mais une résistance émergente à ces médicaments a été signalée.

Cette résistance a évolué en raison de l’utilisation agricole généralisée des fongicides azolés, selon les chercheurs. Les médicaments azolés qui fonctionnent de manière similaire sont le traitement de première ligne pour les patients infectés par la moisissure Aspergillus fumigatus, de sorte que l’exposition du champignon aux fongicides azolés dans l’environnement signifie qu’il est souvent sous une forme résistante aux médicaments avant même qu’il ne rencontre le personnes qu’il infecte.

Les chercheurs appellent à une plus grande surveillance d’Aspergillus fumigatus dans l’environnement et la clinique pour aider à comprendre le risque qu’il pose.

L’auteur principal, le professeur Matthew Fisher, de l’Imperial’s School of Public Health, déclare : « Comprendre les points chauds environnementaux et la base génétique de l’évolution de la résistance aux médicaments fongiques nécessite une attention urgente, car la résistance compromet notre capacité à prévenir et à traiter cette maladie.

Il ajoute : « La prévalence de l’aspergillose résistante aux médicaments est passée de niveaux négligeables avant 1999 à 3 à 40 % des cas aujourd’hui dans toute l’Europe. Dans le même temps, de plus en plus de personnes pourraient être sensibles à l’infection par Aspergillus fumigatus en raison de la croissance nombre de personnes recevant des greffes de cellules souches ou d’organes solides, suivant un traitement immunosuppresseur ou souffrant de maladies pulmonaires ou d’infections respiratoires virales graves.

Dans l’étude, les chercheurs ont isolé 218 échantillons d’Aspergillus fumigatus à travers l’Angleterre, le Pays de Galles, l’Écosse et l’Irlande entre 2005 et 2017. Environ 7 échantillons sur 10 provenaient de personnes infectées (153 échantillons de 143 patients dans cinq hôpitaux) et le reste provenait de de l’environnement (65 échantillons) – y compris du sol, du compost, des bulbes de plantes, de l’air et d’autres sources.

Les chercheurs ont extrait l’ADN des moisissures de l’échantillon et l’ont séquencé pour déterminer s’il y avait un croisement dans les spores résistantes trouvées dans l’environnement et chez certains patients.

Ils ont trouvé six souches d’Aspergillus fumigatus qui existaient dans l’environnement et qui avaient infecté six patients. Les chercheurs disent que les similitudes génétiques indiquaient que le champignon s’était propagé de l’environnement au patient.

L’auteur principal, le Dr Johanna Rhodes, du Centre d’analyse des maladies mondiales de l’Imperial MRC au sein de l’École de santé publique, déclare: “De plus en plus, les cas d’aspergillose observés en clinique sont résistants aux médicaments azolés de première intention. Cependant, nous n’avons pas Nous savons comment les patients contractent ces infections – qu’elles se développent dans les poumons pendant le traitement de l’infection ou que les spores de moisissures qui les infectent soient résistantes aux médicaments. Notre étude révèle que les deux voies d’infection sont possibles et confirme les inquiétudes selon lesquelles les spores de moisissures pré-résistantes présentes dans l’environnement peuvent pénétrer et infecter les poumons des personnes, provoquant des maladies plus difficiles à traiter.”

Sur les 218 échantillons, près de la moitié (106 échantillons) étaient résistants à au moins un des médicaments azolés de première ligne utilisés dans la clinique. Plus précisément, 48 % (104 échantillons) étaient résistants à l’itraconazole, 29 % (64 échantillons) au voriconazole et 21 % au posaconazole. Plus de 10 % des échantillons (26, dont 23 échantillons environnementaux et 3 provenant de patients) étaient résistants à deux médicaments azolés ou plus.

Dans les 218 échantillons, les chercheurs ont trouvé 50 nouveaux gènes associés à la résistance aux médicaments. En approfondissant l’ADN, ils ont également découvert cinq nouvelles combinaisons de modifications à un seul chiffre dans l’ADN (appelées polymorphismes nucléotidiques simples, ou SNP) associées à la résistance aux médicaments, dont une résistante à plusieurs médicaments.

En examinant les gènes des échantillons d’Aspergillus fumigatus, les chercheurs ont découvert qu’il existait deux groupes distincts : le groupe A (123 des 218 échantillons) et le groupe B (95 échantillons). Environ 80 % des échantillons du groupe A étaient résistants aux médicaments, tandis qu’environ 85 % du groupe B ne l’étaient pas. Alors que les deux groupes étaient distincts, les chercheurs ont trouvé des signes d’échange de matériel génétique et, dans certains cas, de création de nouvelles versions de la résistance aux médicaments.

Les chercheurs affirment que ces découvertes indiquent que le spectre complet de la résistance aux azoles chez Aspergillus fumigatus n’a pas encore été compris.

Le Dr Rhodes déclare : « Nos découvertes mettent en évidence de nouvelles voies de transmission des infections résistantes aux humains et montrent qu’il est nécessaire de mieux comprendre où et comment Aspergillus fumigatus génère une résistance aux médicaments.

L’étude a été financée par le Natural Environment Research Council, le Wellcome Trust, Gilead Sciences et le Medical Research Council. Il a impliqué des chercheurs de l’Imperial, du King’s College University Hospital, du Trinity College de Dublin, de l’Université d’Aberdeen, de l’Université de Manchester, de Public Health Wales, de la Lee Kong Chian School of Medicine, de l’Université technologique de Nanyang, de l’hôpital Beaumont, de l’hôpital universitaire de Tallaght, de l’Université de Nottingham, le Laboratoire national de référence en mycologie de l’Agence britannique de sécurité sanitaire, de l’Université d’Exeter et du National Health Service Trust des hôpitaux universitaires de Leeds.