De nouveaux gènes de résistance aux antibiotiques identifiés dans la tuberculose

La tuberculose (TB) est une maladie guérissable et évitable ; 85% des personnes touchées peuvent être traitées avec succès avec un régime de six mois de médicaments. Malgré cela, la tuberculose a tué plus de personnes que d’autres maladies infectieuses ces dernières années, et la tuberculose résistante aux médicaments est une menace constante. Une meilleure compréhension de la M. tuberculose des variants qui confèrent une résistance aux antibiotiques est important à la fois pour une meilleure surveillance des souches résistantes et pour le développement de nouveaux médicaments.

Dans le premier nouvel article, les chercheurs ont décrit comment ils ont assemblé un recueil de données en libre accès de 12 289 M. tuberculose isolats, traités dans les laboratoires partenaires de CRyPTIC à travers le monde. Chaque isolat a été séquencé, puis testé sur une grille à haut débit avec des concentrations variables de 13 antimicrobiens. Parmi les échantillons inclus dans le compendium, 6 814 étaient résistants à au moins un médicament, dont 4 685 échantillons résistants à plusieurs médicaments ou au traitement de première ligne rifampicine.

Dans le deuxième article, le consortium a présenté les résultats d’une étude d’association à l’échelle du génome (GWAS) utilisant les données de 10 228 M. tuberculose isole. Pour les 13 médicaments, le groupe a découvert des variantes non répertoriées associées à des augmentations significatives de la concentration minimale inhibitrice – la concentration la plus faible d’un antibiotique qui arrête la croissance de M. tuberculose. L’analyse de cette concentration, plutôt qu’un résultat binaire résistant ou non résistant, a permis l’identification de variants qui ne provoquent que des modifications subtiles de la réponse antibiotique qui peuvent être surmontées en augmentant la dose de médicament. Les chercheurs ont sélectionné les 20 gènes les plus importants qui confèrent une résistance à chaque médicament et ont décrit plus en détail l’ampleur de l’effet et les variations au sein de ces gènes spécifiques.

“Notre étude démontre la capacité des partenariats mondiaux à améliorer considérablement notre connaissance des variants génétiques associés à la résistance aux antimicrobiens chez les M. tuberculose“, notent les auteurs.

Ensemble, les articles découvrent non seulement des gènes spécifiques qui peuvent être suivis pour mieux comprendre le paysage de la résistance des M. tuberculosemais aussi un cadre pour de futures études sur le pathogène.

“Le compendium n’est pas conçu pour mesurer la prévalence ou estimer les taux d’erreur” réels “des outils de prédiction de la résistance ; il sert plutôt de ressource pour accélérer le développement du diagnostic de la résistance aux antimicrobiens en enrichissant les catalogues de mutations pour [whole genome sequencing] prédiction de la résistance, améliorant notre compréhension des mécanismes génétiques de la résistance et identifiant les lacunes diagnostiques importantes et les schémas de résistance aux médicaments », déclarent les auteurs. « Le recueil de données est entièrement open source et nous espérons qu’il facilitera et inspirera les recherches futures pour les années à venir.”

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