Reconstruire l’épidémie du virus Zika
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Une étude propose de reconstruire le début et la propagation du virus Zika pendant l’épidémie de 2016. La méthode permettrait de détecter d’autres épidémies inconnues à l’avenir.
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La menace urgente du virus Zika, qui a fait la une des médias au printemps et à l’été 2016, a disparu progressivement. Mais la recherche est encore très active sur la manière dont le virus Zika et d’autres infections, transmises par les moustiques, se propagent et provoquent des épidémies. Dans un papier publié dans la revue Cell Host & Microbe, une équipe internationale de chercheurs rapporte de nouveaux détails sur la manière dont Zika a émergé du Brésil et s’est propagé au Mexique et en Amérique centrale.1
Sommaire
Comprendre la propagation de l’épidémie de Zika
L’étude a des implications pour la détection et la surveillance des futures épidémies de maladies virales transmises par les moustiques. Il souligne également la nécessité d’une meilleure collecte de données liées à des régions géographiques distinctes au sein des pays.
Dans cette étude, nous avons pu reconstituer en détail comment Zika a été introduit et s’est propagé dans cette région selon Oliver Pybus, auteur principal et professeur d’évolution et de maladies infectieuses à l’Université d’Oxford. En regardant les génomes de virus Zika obtenus de personnes infectées, nous avons découvert une quantité surprenante d’informations sur l’histoire de la transmission de l’épidémie.
Les chercheurs ont obtenu des séquences complètes ou partielles du génome du virus Zika à partir d’échantillons cliniques tels que le sang et l’urine. En utilisant des données obtenues à partir des génomes viraux, les chercheurs ont fait deux découvertes importantes. La première était qu’ils étaient capables de reconstruire plus en détail quand et où Zika a été introduit et comment le virus s’est propagé à travers l’Amérique centrale et le Mexique. La seconde constatation est que l’épidémie dans de nombreux endroits présentait en fait 2 pics par an qui étaient répartis sur plus d’une saison de reproduction des moustiques. (Les moustiques se nourrissent de sang et transmettent seulement des maladies lorsqu’ils se reproduisent)
Ce que nous avons découvert était surprenant selon Julien Thézé, premier auteur et biologiste de l’évolution computationnelle à Oxford. Il n’y a habituellement qu’une saison de reproduction par an, mais nous avons découvert deux foyers distincts dans un pays relativement petit comme le Honduras. Les données sur les épidémies sont généralement collectées au niveau national selon Pybus. Mais nous avons trouvé un degré considérable de variation sur les habitats appropriés pour la reproduction des moustiques à différents moments de l’année.
L’origine du virus Zika
Le virus Zika a été identifié pour la première fois dans les années 1940 chez un macaque ougandais. Il est transmis principalement par les moustiques Aedes, mais peut aussi se propager par transfusion sanguine et par contact sexuel et de la mère à l’enfant. Le virus Zika a été signalé pour la première fois en Amérique en mai 2015. Il a attiré l’attention un an plus tard, en raison de son effet le plus dévastateur. Les femmes enceintes infectées ont parfois donné naissance à des bébés atteints de malformations congénitales, en particulier de microcéphalie sévère.
Ce graphique montre l’épidémiologie génomique du virus Zika en Amérique centrale et au Mexique. Après son introduction probable au Honduras en 2014, le virus s’est propagé sans être détecté dans la région. Les données génétiques et épidémiologiques indiquent que des pics de transmission biannuels se sont produits,et pourraient potentiellement s’expliquer par la variation locale de l’abondance des moustiques – Crédit : Thézé et al./Cell Host & Microbe
Dans l’étude actuelle, les chercheurs ont mis au point une méthode permettant non seulement de rechercher et de séquencer le virus Zika, mais également de détecter simultanément d’autres virus qui pourraient co-circuler dans la même zone géographique. Les approches de séquençage génomique ciblent généralement un virus à la fois selon Charles Chiu, professeur agrégé au Département de médecine de laboratoire de l’Université de Californie à San Francisco. Cette technique fournit un modèle qui permet de mener une surveillance des épidémies virales inconnues à l’avenir.
Une épidémie au Mexique dès 2015
Sur la base de ces données, les chercheurs ont déterminé que la première épidémie de Zika au Mexique s’est produite plus tôt que ce qui avait été signalé auparavant. Les infections de Zika dans ce pays auraient atteint un pic au milieu de 2016, mais les données génomiques suggèrent qu’une épidémie antérieure a eu lieu début 2015. Cette découverte a été confirmée par d’autres rapports publiés montrant une augmentation de la naissance des bébés atteints de microcéphalie dans le pays pendant la deuxième moitié de 2015.
L’infection par le virus Zika n’est actuellement pas considérée comme une urgence mondiale en matière de santé publique, car une forte proportion de personnes, vivant dans les zones couvertes par le moustique Aedes, sont susceptibles d’avoir été infectées et sont désormais immunisées. Mais les chercheurs estiment que leurs résultats fournissent de nouvelles informations importantes sur la propagation des pathogènes viraux et que les méthodes qu’ils ont développées pourraient être largement adoptées à l’avenir pour suivre d’autres épidémies virales.
