Un papier scientifique sur l'ARN basé sur un jeu vidéo pose une crise identitaire


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  • Un papier scientifique portant sur l’ARN a été publié en se basant sur les données d’un jeu vidéo. Le problème est l’attribution pour les auteurs du papier, car elle implique d’utiliser les pseudos des joueurs. C’est plutôt mal vu dans la norme scientifique et son respect strict des auteurs.


    Un papier scientifique sur l'ARN, en utilisant des données du jeu Eterna, pose des problèmes d'identité par rapport aux auteurs du papier.

    Une revue scientifique a publié un papier qui révèle un ensemble de contraintes de pliage dans le design des molécules ARN. Tout est normal. La plupart des données de l’étude proviennent d’un jeu en ligne qui a utilisé le Crowdsourcing provenant de milliers de joueurs non expérimentés. Inhabituel, mais ce n’est pas la première fois qu’on voit cette méthode. Mais les auteurs du papier sont les joueurs. Et c’est vraiment une première. La revue a retardé la publication du papier scientifique à cause des problèmes éthiques concernant les auteurs qui ont utilisé leurs pseudos de jeux.

    Le jeu s’appelle Eterna et il a fait grand bruit en 2014 avec un papier dans la Proceedings of the National Academy of Sciences qui comptaient près de 37 000 joueurs comme des co-auteurs. L’objectif était de déterminer si des humains non-experts s’en sortaient mieux que des algorithmes pour créer des séquences d’ARN qui se plient dans des formes particulières. Et les humains ont gagné, et ce, même après que les algorithmes aient appris les méthodes de pliage des humains. Cela signifie que dans le domaine de la biophysique du pliage de l’ARN, John Henry a battu les algorithmes (John Henry est un personnage du folklore américain qui représente une personne lambda de la classe ouvrière).

    L’étude de 2014 a été menée par les scientifiques Adrien Treuille et Rhiju Das, biophysiciens à l’université de Carnegie Mellon et à l’université de Stanford. Les 2 chercheurs ont créé le jeu en 2009 en tant que postdoctorats dans le laboratoire de David Baker. Ce laboratoire a permis de créer le célèbre jeu FoltIt (un jeu qui a permis de résoudre les structures de protéines). Depuis, les chercheurs ont étendu le processus et ils ont connecté ce jeu dans un laboratoire automatisé dans le monde réel. Ce laboratoire teste les prédictions de pliage des joueurs sur les structures en 3D des molécules d’ARN. Ce jeu s’appelle Eterna Massive Open Laboratory.

    L’humain contre la machine

    Le papier qui pose un problème d’identité montre tout le chemin qui a été parcouru. Parmi les énigmes de l’ARN dans le jeu, il y en avait quelques-unes qui étaient particulièrement difficiles. On peut citer la recherche de la symétrie où un brin d’ARN peut se plier en deux ou plus de formes en boucle identiques. Le jeu Eternal inclut une interface où les joueurs proposent des hypothèses sur le fait si une structure d’ARN va se plier ou non dans une forme donnée. Ces structures ont été distillées dans un ensemble de règles de conception. La question était : Est-ce que les humains sont les seuls à s’embourber dans des problèmes de conception ou les algorithmes sont aussi paumés ?

    La réponse est que les algorithmes sont aussi perdus que les humains. Les chercheurs ont rapporté que 3 des meilleurs algorithmes, en utilisant un supercalculateur de Stanford, n’ont pas réussi à résoudre le même problème de design de l’ARN qui avait posé tant de soucis aux humains. Cela signifie que les humains et les algorithmes sont égaux devant un problème de conception particulièrement ardu. En fait, les énigmes les plus difficiles ont pu être résolues par des humains, mais l’algorithme n’a jamais réussi à le faire même après des jours de fonctionnement. Pour améliorer l’algorithme, les scientifiques ont désormais un Benchmark appelé Eternal100 qui permet de déterminer la difficulté d’un design.

    Le papier est une contribution considérable selon Jane Richardson, une biophysicienne à l’université de Duke. Les nouveaux principes de design sont plus compréhensibles et cela permettra de créer des conceptions automatisées. Le jeu est devenu un outil très utile pour les scientifiques.

    Une crise identitaire

    Mais la publication du papier a posé un dilemme : Certains des contributeurs étaient uniquement listés par leurs pseudos de jeux plutôt que leur vraie identité. Un critère généralement accepté pour l’attribution est que les auteurs doivent prendre la responsabilité de l’intégrité de leur papier selon Peter Wright, éditeur de la revue. Selon moi, l’identification d’un auteur, uniquement par un pseudo, qu’on peut changer en quelques secondes, est inapproprié, puisqu’on ne peut pas contacter cette personne s’il y des problèmes avec l’article.

    À la fin, les joueurs ont accepté de fournir leurs vrais noms. Mais cela incite les revues scientifiques à revoir certaines de leurs normes pour éviter une nouvelle crise d’identité. Au-delà d’une progression sur l’ARN, ces travaux montrent la place grandissante des scientifiques citoyens. On peut prédire qu’il y aura de nombreux papiers dans le futur qui impliquerait des contributeurs non-expérimentés. Dans le cas de jeu Eterna, les joueurs ont pu créer près de 80 microprojets dans leur coin et cela contribue à la vulgarisation de la science auprès du public.

     

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