Des généticiens découvrent une nouvelle sous-espèce de chèvre sauvage via un ADN ancien


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  • Des généticiens du Trinity College de Dublin, ainsi qu’une équipe de collaborateurs internationaux, ont découvert une lignée jusque-là inconnue de chèvres sauvages vieille de plus de dix millénaires. La recherche a fait l’objet d’un examen ouvert par les pairs et d’une recommandation au Génomique PCI et vient d’être publié dans la revue eVie.

    Le nouveau type de chèvre, découvert à partir d’un dépistage génétique de restes osseux et appelé « le tur taurasien », a probablement survécu au dernier maximum glaciaire (la période glaciaire), qui a bloqué ses ancêtres dans les hauts sommets des montagnes du Taurus en Turquie où leur des restes ont été retrouvés.

    Une découverte fortuite à la grotte de Direkli

    Il y a plus de 12 000 ans, les chasseurs-cueilleurs des montagnes du Taurus, dans le sud de la Turquie, dépendaient fortement du gibier local pour se nourrir et subsister. Située près du village actuel de Döngel et à une altitude d’environ 1 100 m au-dessus du niveau de la mer, la grotte de Direkli a été utilisée pendant environ trois millénaires (il y a environ 14 000 à 11 000 ans) comme camp saisonnier pour ces chasseurs et peut avoir été habitée année -tour.

    « Parmi les artefacts trouvés à la grotte de Direkli, il y avait de grandes quantités de restes osseux avec des marques de traitement distinctes, indiquant que des chèvres sauvages y étaient abattues pour la consommation », explique Dr Kevin Daly, de l’École de génétique et de microbiologie de Trinity, qui est le premier auteur de l’article de recherche.

    « Avec la grotte entourée de hauts sommets, atteignant ~ 2 200 m, la chèvre sauvage ou le bouquetin bézoard (Capra aegagrus) qui habitent la région aujourd’hui étaient probablement la cible de ces chasseurs du Pléistocène supérieur. »

    Lors du dépistage génétique des restes d’os de chèvre de Direkli, les généticiens ont remarqué quelque chose d’inhabituel : de nombreuses chèvres portaient des génomes mitochondriaux similaires à une autre espèce de chèvre sauvage.

    Alors que la chèvre domestique est dérivée du bouquetin bézoard, d’autres espèces de chèvres sauvages sont encore vivantes aujourd’hui et se trouvent dans des régions relativement restreintes. Il s’agit notamment du tur du Caucase de l’Est et de l’Ouest, deux espèces sœurs (ou sous-espèces) de chèvre sauvage que l’on ne trouve désormais que dans les montagnes du Caucase en Géorgie. De nombreux échantillons de la grotte de Direkli portaient des mitochondries liées à ces tur du Caucase, bien que la grotte de Direkli soit à environ 800 km de leur habitat actuel.

    Dr Daly a ajouté : « Une surprise encore plus grande est venue lorsque nous avons examiné les génomes nucléaires des chèvres de la grotte Direkli : alors que la plupart ressemblaient au bouquetin bézoard, comme prévu, un échantillon semblait différent des autres. Cet échantillon, Direkli4, présentait plus de variantes génétiques ancestrales que les autres. Des chèvres Direkli, ce qui indique qu’il pourrait s’agir d’une espèce différente des autres. »

    Pour mieux comprendre cela, l’équipe de Trinity a collaboré avec des chercheurs du Muséum national d’Histoire naturelle de Paris pour générer des données génétiques d’autres espèces du groupe Capra.

    Une nouvelle lignée de Tur

    L’équipe a été surprise de voir que l’échantillon Direkli4 était en fait regroupé avec le tur caucasien – semblant être un groupe frère des types Est et Ouest. Intriguée, l’équipe a passé au crible plus de matériel de la grotte de Direkli et a trouvé deux échantillons supplémentaires avec un génome « ressemblant à un tur », suggérant qu’une population de ces parents de tur vivait dans les montagnes du Taurus près du bouquetin bézoard local, tous deux chassés par les humains dans temps préhistoriques.

    L’équipe suggère un nom pour le tur taurasien découvert : Capra taurensis ou Capra caucasica taurensis ; les chercheurs classent toujours le tur vivant comme une sous-espèce ou comme deux espèces distinctes.

    Comme les tur sont plus grands et plus lourds que les autres chèvres sauvages, avec une forme de corne distinctive, il devrait être possible d’identifier un groupe de parents tur dans les restes d’animaux. Les restes de corne sont absents de la grotte de Direkli, malgré le grand nombre de restes, ce qui indique peut-être que ceux-ci sont un prix précieux parmi les chasseurs. Mais les archéozoologues de l’équipe ont montré qu’il y avait beaucoup de chèvres de grande taille dans la grotte de Direkli – et peut-être dans d’autres endroits montagneux du sud-ouest de l’Asie.

    « Nous espérons que cela encouragera la réévaluation et l’analyse des restes fauniques dans la région, car il pourrait encore y avoir des découvertes passionnantes », a ajouté Dr Daly.

    Victime du changement climatique et de l’activité humaine ?

    L’équipe suggère que les ancêtres de tur vivaient dans une zone géographique plus large au cours des 100 000 dernières années, des montagnes du Caucase aux montagnes du Taurus au bord de la Méditerranée – et que le changement climatique pourrait avoir provoqué la fragmentation de l’habitat.

    Dr Daly a dit : « Le dernier maximum glaciaire, ou période glaciaire, a peut-être rendu de nombreuses régions inhospitalières, forçant ces chèvres à rivaliser avec d’autres espèces. Le tur taurasien était peut-être un groupe restant, limité aux sommets des montagnes du Taurus. L’augmentation de l’activité humaine aurait a exercé une pression supplémentaire sur le tur taurasien, avec une chasse mise en évidence à la grotte de Direkli.

    « Bien que nous ne sachions pas exactement quand ni comment cette lignée de chèvres s’est éteinte, des enquêtes génomiques supplémentaires dans la région pourraient montrer que leurs génomes perdurent chez les chèvres sauvages d’aujourd’hui. »

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