Des chercheurs ont étudié plus de 600 séquences du génome de Yersinia pestis, la bactérie responsable de la peste


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  • Cherchant à mieux comprendre les origines et les mouvements de la peste bubonique, à l’époque ancienne et contemporaine, des chercheurs de l’Université McMaster, de l’Université de Sydney et de l’Université de Melbourne ont effectué un examen granulaire minutieux de centaines de séquences génomiques modernes et anciennes, créant la plus grande analyse de ce genre.

    Malgré les progrès massifs de la technologie et de l’analyse de l’ADN, l’origine, l’évolution et la propagation de la peste restent notoirement difficiles à identifier.

    La peste est responsable des deux pandémies les plus importantes et les plus meurtrières de l’histoire de l’humanité. Cependant, le flux et le reflux de ceux-ci, pourquoi certains meurent et d’autres persistent pendant des années a déconcerté les scientifiques.

    Dans un article publié aujourd’hui dans la revue Biologie des communicationsles chercheurs de McMaster utilisent des données et des analyses complètes pour tracer ce qu’ils peuvent sur l’histoire très complexe de Y. pestis, la bactérie responsable de la peste.

    La recherche comprend une analyse de plus de 600 séquences génomiques du monde entier, couvrant la première émergence de la peste chez l’homme il y a 5 000 ans, la peste de Justinien, la peste noire médiévale et l’actuelle (ou la troisième) pandémie, qui a commencé au début 20e siècle.

    « La peste a été la plus grande pandémie et le plus grand événement de mortalité de l’histoire de l’humanité. Quand elle est apparue et de quel hôte peut faire la lumière sur son origine, pourquoi elle a continuellement éclaté pendant des centaines d’années et s’est éteinte dans certains endroits mais a persisté dans d’autres. Et finalement, pourquoi il a tué tant de gens », explique le généticien évolutionniste Hendrik Poinar, directeur du Centre de l’ADN ancien de McMaster.

    Poinar est chercheur principal au Michael G. DeGroote Institute for Infectious Disease Research et au Global Nexus for Pandemics & Biological Threats de McMaster.

    L’équipe a étudié les génomes de souches de distribution mondiale et d’âges différents et a déterminé que Y. pestis a une horloge moléculaire instable. Cela rend particulièrement difficile la mesure de la vitesse à laquelle les mutations s’accumulent dans son génome au fil du temps, qui sont ensuite utilisées pour calculer les dates d’émergence.

    Car Y. pestis évolue à un rythme très lent, il est presque impossible de déterminer exactement son origine.

    Les humains et les rongeurs ont transporté l’agent pathogène dans le monde entier par le biais de voyages et de commerce, ce qui lui a permis de se propager plus rapidement que son génome n’a évolué. Les séquences génomiques trouvées en Russie, en Espagne, en Angleterre, en Italie et en Turquie, bien qu’elles soient séparées par des années, sont toutes identiques, par exemple, ce qui crée d’énormes défis pour déterminer la voie de transmission.

    Pour résoudre le problème, les chercheurs ont développé une nouvelle méthode pour distinguer des populations spécifiques de Y. pestisleur permettant d’identifier et de dater cinq populations à travers l’histoire, y compris les anciennes lignées pandémiques les plus célèbres qui, selon eux, ont émergé des décennies, voire des siècles, avant que la pandémie ne soit historiquement documentée en Europe.

    « Vous ne pouvez pas considérer la peste comme une seule bactérie », explique Poinar. « Le contexte est extrêmement important, comme le montrent nos données et nos analyses. »

    Pour reconstituer correctement les pandémies de notre passé, présent et futur, les contextes historiques, écologiques, environnementaux, sociaux et culturels sont tout aussi importants.

    Il explique que les preuves génétiques ne suffisent pas à elles seules pour reconstituer le moment et la propagation des pandémies de peste à court terme, ce qui a des implications pour les recherches futures liées aux pandémies passées et à la progression des épidémies en cours telles que COVID-19.

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