Une nouvelle analyse d’ADN fournit un génome précis de la tuberculose

Le nouvel outil, qui a créé une carte améliorée du génome d’une souche de tuberculose, devrait faire de même pour d’autres souches et d’autres types de bactéries, selon des chercheurs dont les découvertes sont parues dans Communication Nature.

Mycobacterium tuberculosis, la bactérie responsable de la maladie de la tuberculose, infecte environ un quart de la population mondiale et a tué 1,6 million de personnes en 2021, selon l’Organisation mondiale de la santé. Les interventions médicales actuelles se limitent à un vaccin centenaire qui réduit le risque d’infection de 20% et à quatre à six mois d’antibiotiques puissants qui s’avèrent parfois inefficaces.

“La clé pour vaincre cette maladie est de la comprendre, et la clé pour la comprendre réside dans son ADN”, a déclaré David Alland, l’auteur principal de l’étude qui est chef de la division des maladies infectieuses à la Rutgers New Jersey Medical School et directeur de l’Institut de recherche en santé publique de l’école. “Nous espérons que notre nouveau pipeline fournira aux chercheurs du monde entier les informations dont ils ont besoin pour créer des traitements plus rapides et plus efficaces et, idéalement, un vaccin pleinement efficace.”

Les scientifiques ont d’abord séquencé le génome d’une souche de tuberculose – H37Rv – en 1998, mais ils n’ont jamais pu générer le genre de séquence complète et précise qui maximiserait leurs chances d’éradiquer la maladie – jusqu’à maintenant.

Le nouveau pipeline, baptisé Bact-Builder, combine des programmes d’assemblage de génome open source communs dans un nouvel outil facile à utiliser, disponible gratuitement sur GitHub.

Aujourd’hui, les scientifiques séquencent généralement de nouveaux génomes bactériens en coupant de gros morceaux d’ADN en petits fragments rapides à scanner, puis en utilisant une séquence de référence telle que H37Rv pour aligner correctement toutes les données résultantes. Cependant, assembler des génomes sans référence, comme le fait Bact-Builder avec les données des séquenceurs MinION, permet aux chercheurs d’identifier des gènes présents dans des souches cliniques qui pourraient ne pas être présents dans la référence.

La séquence de la tuberculose créée par Bact-Builder contient environ 6 400 000 éléments d’information (paires de bases) de plus que l’ancienne référence et, plus important encore, identifie les gènes nouveaux et les fragments de gènes manquants dans l’ancienne référence.

“Le simple fait de publier un génome entièrement précis pour la souche de référence H37Rv, qui est utilisée dans des centaines d’études par an, devrait aider de manière significative la recherche sur la tuberculose”, a déclaré Alland.

Avoir un moyen facile de séquencer toutes les souches avec précision est encore plus important, a déclaré Alland, « car la comparaison des souches devrait répondre à de nombreuses questions vitales telles que pourquoi certaines souches sont plus contagieuses que d’autres. Pourquoi certaines souches provoquent-elles des maladies plus graves ? plus difficile à guérir ? Les réponses à toutes ces questions, qui pourraient nous aider à concevoir de meilleurs traitements et vaccins, se trouvent dans le code génétique, mais vous avez besoin d’un moyen précis pour les trouver.

Source de l’histoire :

Matériaux fourni par Université Rutgers. Original écrit par Andrew Smith. Remarque : Le contenu peut être modifié pour le style et la longueur.