Une nouvelle approche permet de retracer avec succès les variants génomiques jusqu’aux troubles génétiques
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Les chercheurs des National Institutes of Health ont publié une évaluation de 13 études qui ont adopté une approche axée sur le génotype pour les soins aux patients. Cette approche contraste avec l’approche typique de la recherche clinique axée sur le phénotype, qui commence par les résultats cliniques. Une approche axée sur le génotype des soins aux patients consiste à sélectionner des patients présentant des variantes génomiques spécifiques, puis à étudier leurs traits et leurs symptômes ; cette découverte a révélé de nouvelles relations entre les gènes et les conditions cliniques, a élargi les traits et les symptômes associés aux troubles connus et a offert un aperçu des troubles nouvellement décrits. L’étude a été publiée dans le Journal américain de génétique humaine.
“Nous avons démontré que la recherche sur le génotype d’abord peut fonctionner, en particulier pour identifier les personnes atteintes de maladies rares qui, autrement, n’auraient peut-être pas été portées à l’attention clinique”, déclare Caralynn Wilczewski, Ph.D., conseillère en génétique à l’Institut national de recherche sur le génome humain ( NHGRI) Reverse Phenotyping Core et premier auteur de l’article.
Généralement, pour traiter les maladies génétiques, les chercheurs identifient d’abord les patients qui présentent des symptômes, puis ils recherchent des variantes dans le génome des patients qui pourraient expliquer ces résultats. Cependant, cela peut entraîner des biais car les chercheurs étudient les résultats cliniques en fonction de leur compréhension du trouble. L’approche axée sur le phénotype empêche les chercheurs de comprendre le spectre complet des symptômes des troubles et les variantes génomiques associées.
“La génomique a le potentiel de transformer la médecine réactive en médecine préventive”, a déclaré Leslie Biesecker, MD, chercheuse distinguée du NIH, directrice du Center for Precision Health Research du NHGRI et auteur principal de l’article. “Étudier comment l’adoption d’une approche de recherche axée sur le génotype peut nous aider à apprendre comment modéliser la médecine prédictive et de précision à l’avenir.”
L’étude documente trois types de découvertes à partir d’une approche axée sur le génotype.
Premièrement, les chercheurs ont découvert que cette approche aidait à découvrir de nouvelles relations entre les variantes génomiques et des traits cliniques spécifiques. Par exemple, une étude du NIH a révélé que le fait d’avoir plus de deux copies du gène TPSAB1 était associé à des symptômes liés au tractus gastro-intestinal, aux tissus conjonctifs et au système nerveux.
Deuxièmement, cette approche a aidé les chercheurs à trouver de nouveaux symptômes liés à un trouble que les cliniciens n’avaient pas vu auparavant parce que le patient ne présentait pas les symptômes typiques. Les chercheurs du NHGRI ont identifié une personne avec une variante génomique associée à un trouble métabolique connu. Des tests supplémentaires ont révélé que l’individu avait des niveaux élevés de certains produits chimiques dans son corps associés au trouble, malgré des symptômes mineurs.
Troisièmement, cette approche a permis aux chercheurs de déterminer la fonction de variants génomiques spécifiques, ce qui a le potentiel d’aider les cliniciens à comprendre les troubles nouvellement décrits. Par exemple, dans une étude, les chercheurs du NHGRI et leurs collaborateurs ont découvert qu’une variante génomique était associée à un dysfonctionnement immunitaire au niveau moléculaire dans les cellules sanguines.
Les 13 études qui ont mis en œuvre une approche axée sur le génotype ont utilisé les données génomiques du Reverse Phenotyping Core du NHGRI au Center for Precision Health Research. Le noyau regroupe les données génomiques de programmes tels que ClinSeq(R) et le protocole de séquençage centralisé de l’Institut national des allergies et des maladies infectieuses (NIAID), qui ensemble ont permis d’effectuer des analyses sur plus de 16 000 participants à la recherche qui ont subi un séquençage du génome ou de l’exome.
Les données de séquençage de l’exome et du génome des participants qui ont consenti à un large partage de données génomiques et à un recontact pour de futures études de recherche sont actuellement disponibles pour les chercheurs intra-muros des NIH via le Reverse Phenotyping Core Genomic Data Browser afin d’identifier les variantes génomiques d’intérêt pour leurs propres recherches.
« Il est important de noter que nous fournissons un cadre permettant à d’autres institutions de créer des programmes de recherche qui permettent d’abord les études sur le génotype. Avec davantage de programmes adoptant cette approche, nous pouvons mieux étudier le potentiel prédictif de la médecine génomique », a déclaré Clesson Turner, MD, directeur du NHGRI. Reverse Phenotyping Core et auteur principal de l’article.
Le cadre comprend un large partage de données génomiques avec la possibilité de recontacter les participants explicitement indiqués lors du processus de consentement éclairé. Les chercheurs du NHGRI recommandent aux institutions visant à établir des centres de génotype d’abord de créer des plans stratégiques, en particulier pour décider des résultats génomiques qui seront renvoyés, ce qui peut impliquer des services de conseil génétique. Surtout, selon l’étude, les chercheurs doivent communiquer activement avec les participants à l’étude pour établir des relations à long terme éclairées et de confiance.
“À l’avenir, à mesure que de plus en plus de chercheurs adopteront cette approche, nous espérons identifier davantage de personnes qui pourraient être aidées par la disponibilité de leur séquence génomique, d’autant plus que des populations plus diverses se joignent aux études de séquençage du génome”, déclare le Dr Wilczewski.
