Une approche multi-omique donne un aperçu de la gravité de la grippe
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Vous êtes-vous déjà demandé pourquoi certaines personnes pouvaient tomber plus malades que d’autres, même lorsqu’elles attrapaient le même virus ? On ne sait pas encore pourquoi c’est. Facteurs viraux (telles que les différences dans la souche d’un virus) jouent un rôle dans cette variabilité, mais ils ne peuvent pas expliquer le large éventail de réponses chez différents individus infectés par le même virus. Un nombre de facteurs d’accueil ont également été pris en compte, y compris l’immunité préexistante, l’âge, le sexe, le poids et le microbiome.
Un autre facteur important est la biologie moléculaire au sein de vos cellules. L’ADN se présente sous la forme d’un long brin en double hélice. Ainsi, vous pourriez vous attendre à ce que la cellule lise toujours les informations génétiques dans l’ordre, en commençant par une extrémité et en allant à l’autre. Mais ce n’est pas le cas. L’ADN contient éléments transposables parfois appelé “ADN indésirable”, qui peut modifier les régions du génome qui sont lues à un moment donné.
L’ouvrage publié dans Génomique cellulaire par une équipe internationale dirigée par le Dr Guillaume Bourque, qui a étudié le rôle de ces éléments transposables sur la sévérité de la maladie après infection par le virus de la grippe A.
En examinant les données de 39 individus avant et après l’infection par le virus de la grippe A, les chercheurs ont pu identifier des changements dans l’accessibilité (c’est-à-dire la “lisibilité”) des éléments transposables. Pour ce faire, les chercheurs ont utilisé une approche combinant différents ensembles de données multiomiques, qui caractérisent et quantifient des collections de biomolécules dans des cellules ou des organismes. L’un était le transcriptome, qui se compose de toutes les copies d’ARN transcrites à partir d’ADN dans la cellule. L’autre était l’épigénome, qui est l’ensemble des modifications chimiques de l’ADN qui modifient l’expression des gènes. Un avantage de cette approche multiomique est qu’ils ont pu identifier des familles d’éléments transposables avec des changements d’accessibilité, ce qui aurait probablement été manqué par les approches précédentes.
En considérant ces changements dans les éléments transposables après une infection virale, ils pourraient identifier plusieurs facteurs de transcription (protéines qui activent ou désactivent des gènes spécifiques) qui contribuent probablement à la réponse d’une personne à l’infection. À l’aide de ces résultats, les chercheurs ont pu créer un modèle capable de prédire la charge virale d’un individu après une infection par la grippe A.
“Un certain nombre de questions demeurent, telles que la question de savoir si le lien entre les éléments transposables et la charge virale est réellement causal et si ces changements seraient cohérents dans le temps”, explique l’auteur principal Xun Chen. “Mais ces découvertes sont une étape importante vers la compréhension du rôle que ces facteurs jouent dans la variabilité de la gravité de la maladie chez les individus.”
Les auteurs incluent des chercheurs de l’Université de Kyoto au Japon, de l’Université McGill et de l’Université de Montréal au Canada, et de l’Université de Chicago aux États-Unis.
