Des chercheurs identifient des marqueurs génétiques rares de la tuberculose pharmacorésistante


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  • Pour beaucoup, la tuberculose (TB) peut sembler être une maladie d’une époque révolue. Mais il fait toujours plus d’un million de morts chaque année. Et le problème s’aggrave à mesure que Mycobacterium tuberculosisl’agent pathogène qui cause la tuberculose, continue de développer une résistance aux antibiotiques utilisés pour traiter la maladie.

    Aujourd’hui, des chercheurs de l’Université d’État de San Diego ont identifié des marqueurs génétiques rares dans M. tuberculose qui pourraient améliorer la détection précoce des souches résistantes aux médicaments de la maladie, aidant ainsi à prévenir leur propagation.

    À la recherche de variantes insaisissables

    Pour tester si quelqu’un a une souche de tuberculose qui ne répondra plus au traitement standard, les cliniciens cultivent des échantillons de mucus des voies respiratoires et les bombardent d’antibiotiques.

    « Mais parce que la tuberculose se développe si lentement, cela prend des semaines », a déclaré Faramarz Valafar, professeur de santé publique à l’Université d’État de San Diego. « Au cours de ces semaines, ce patient propage une tuberculose qui pourrait être résistante aux antibiotiques. »

    Il dit que les outils de diagnostic moléculaire sont beaucoup plus rapides. Ceux-ci testent les marqueurs génétiques courants de la résistance aux médicaments et permettent un traitement plus rapide. Mais les souches de tuberculose dotées de rares mécanismes de résistance échappent encore à la détection moléculaire.

    « Ils n’ont pas les marqueurs génétiques communs, mais ils sont résistants », a déclaré Valafar. Cela conduit les cliniciens à conclure à tort que les médicaments antituberculeux standard tueront la bactérie. « Et donc le patient reçoit les mauvais médicaments et continue d’infecter les autres pendant des semaines, parfois des mois, avant de se rendre compte que ces médicaments ne fonctionnent pas. Nous voulons donc vraiment empêcher cela. »

    Derek Conkle-Gutierrez, doctorant dans le laboratoire de Valafar, a dirigé la recherche de mutations génétiques rares associées à la résistance. Les chercheurs ont obtenu des échantillons de M. tuberculose de sept pays différents où la résistance aux antibiotiques est courante. La culture des échantillons a révélé que certains étaient effectivement résistants aux médicaments, même si les diagnostics moléculaires n’avaient pas réussi à les détecter.

    « Nous avons d’abord confirmé qu’ils n’avaient pas les marqueurs connus, puis nous avons commencé à rechercher quelles autres mutations se manifestaient exclusivement dans ces isolats résistants inexpliqués », a déclaré Conkle-Gutierrez.

    Les chercheurs ont identifié un ensemble de mutations génétiques rares qui peuvent aider à empêcher la kanamycine, un médicament antituberculeux courant, d’interférer avec la capacité de l’agent pathogène à synthétiser les protéines dont il a besoin, le rendant ainsi inoffensif pour l’agent pathogène. Un autre ensemble de mutations peut faire la même chose pour la capréomycine, un médicament contre la tuberculose.

    L’étude est publiée dans la revue Agents antimicrobiens et chimiothérapie.

    « Ce manuscrit identifie des marqueurs potentiels ; un travail de confirmation pour la sélection de marqueurs pour la prochaine génération de plateformes de diagnostic moléculaire plus complètes nous attend », a déclaré Valafar.

    Il dit qu’étant donné l’évolution de la résistance aux antibiotiques, les diagnostics moléculaires devront être mis à jour fréquemment et adaptés aux différentes régions du monde où la résistance aux antibiotiques dans la tuberculose est courante. Conkle-Gutierrez est d’accord.

    « La pratique d’entrer et de vraiment rechercher ces cas inexpliqués, de les amener, de les séquencer, est un projet important et coûteux, mais cela doit être fait afin de trouver ces cas rares afin qu’ils ne passent pas à travers le se fissurent et se propagent, provoquant une plus grande résistance aux antibiotiques qui passe tout simplement inaperçue. »

    Comme les chercheurs l’ont appris au XXe siècle, l’utilisation généralisée d’antibiotiques vitaux a peut-être transformé la médecine, mais les pathogènes bactériens, comme M. tuberculose, rapidement développé une résistance à leur encontre. C’est parce que les souches de bactéries qui survivent à l’assaut de ces puissants médicaments abritent des mutations qui leur permettent de persister et de se multiplier. Cette situation est exacerbée par l’utilisation d’antibiotiques chez le bétail et pour les infections non bactériennes chez l’homme, telles que celles causées par des virus.

    La tuberculose est proche de chez soi

    On estime qu’environ un quart de la population mondiale est infectée par la tuberculose, qui comporte deux phases : latente et active. La plupart des gens restent dans la phase latente parce que le système immunitaire du corps contrôle la charge bactérienne. Ils restent asymptomatiques et ne sont pas contagieux. Environ 10 % de ces infections se transforment en tuberculose active. Les patients ressentent alors des symptômes et peuvent transmettre la maladie à d’autres.

    « C’est également un problème de santé publique très important pour les États-Unis », a déclaré Valafar, qui affirme que de nombreuses personnes dans ce pays ont une tuberculose latente. « La crainte est que d’autres infections pulmonaires comme le COVID pourraient submerger le système immunitaire et déclencher l’entrée de la tuberculose dans sa phase active. Si cela se produit, la tuberculose deviendra également un problème plus important dans le monde occidental. Nous l’avons déjà vu dans le VIH co Même si le VIH n’est pas une maladie pulmonaire, parce qu’il affaiblit le système immunitaire, il conduit à l’activation de la tuberculose. La plupart des patients qui ont le VIH meurent de la tuberculose et non du VIH.

    En fin de compte, un vaccin efficace contre la tuberculose est cruellement nécessaire. D’ici là, l’amélioration des diagnostics moléculaires pour la détection de la résistance aux antibiotiques est importante pour contrôler la morbidité. À cette fin, le laboratoire de Valafar a récemment reçu une subvention pour séquencer directement la tuberculose résistante aux médicaments à partir de tissus pulmonaires infectés.

    « Et cela va vraiment briser certains obstacles auxquels la communauté de recherche sur la tuberculose est confrontée », a-t-il déclaré.

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