Emergence d’une souche de Shigella sonnei ultrarésistante aux médicaments en France

La shigellose est une maladie diarrhéique très contagieuse qui se propage par transmission fécale-orale. Parmi les différents types de Shigelle, Shigella sonnei est l’espèce qui circule principalement dans les pays industrialisés. Shigella sonnei les infections peuvent causer une diarrhée à court terme (3-4 jours) qui disparaît d’elle-même. Un traitement antibiotique est cependant nécessaire pour les cas modérés à sévères (diarrhée sanglante, risque de complications) ou pour prévenir la transmission interhumaine en situation épidémique. L’acquisition des mécanismes de résistance aux antibiotiques par Shigelle bactéries limite donc les options thérapeutiques.

Dans cette étude, des scientifiques du Centre national de référence pour Escherichia coli, Shigelle et Salmonelle (CNR-ESS) à l’Institut Pasteur démontrent une augmentation de la résistance aux antibiotiques S. sonnei isolats collectés en France au cours des 17 dernières années. L’étude est basée sur une analyse de plus de 7 000 S. sonnei isolats et informations épidémiologiques recueillis dans le cadre de la surveillance nationale de la shigellose menée par le CNR-ESS entre 2005 et 2021. Le CNR-ESS analyse l’ensemble des isolats bactériens transmis par son réseau de laboratoires partenaires privés et publics sur l’ensemble de la France. Sur cette période, des isolats dits “extensivement résistants aux médicaments” (XDR) ont été identifiés pour la première fois en 2015. Les scientifiques ont alors observé que la proportion d’isolats XDR, résistants à la quasi-totalité des antibiotiques préconisés pour le traitement de la shigellose, augmentait significativement et a atteint un pic en 2021, lorsque 22,3 % de tous S. sonnei isolats (99 cas) étaient XDR.

Le séquençage du génome a révélé que toutes ces souches XDR françaises appartenaient à la même lignée évolutive, devenue résistante à un antibiotique clé (la ciprofloxacine) vers 2007 en Asie du Sud. Dans plusieurs régions géographiques du monde, dont la France, les souches ont ensuite acquis différents plasmides codant pour la résistance à d’autres antibiotiques de première ligne (notamment les céphalosporines de troisième génération et l’azithromycine). Pour les cas graves, les seuls antibiotiques encore efficaces sont les carbapénèmes ou la colistine, qui doivent être administrés par voie intraveineuse, entraînant un traitement plus agressif nécessitant une surveillance plus complexe en milieu hospitalier.

Des isolats XDR ont été observés en France dans différents contextes : chez des voyageurs revenant d’Asie du Sud ou d’Asie du Sud-Est, lors d’une épidémie dans une école en 2017 (plus de 90 cas, entraînant la fermeture de l’école ; le cas index était revenu du Sud-Est Asie) et chez les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH). Ces derniers ont été infectés par un clone épidémique qui se propage dans toute l’Europe depuis 2020 mais a également été retrouvé en Amérique du Nord et en Australie. Ce sous-groupe de souches XDR circulant dans les HSH était le plus répandu, représentant 97 % des souches XDR en France en 2021.

L’utilisation fréquente d’antibiotiques en Asie du Sud et du Sud-Est, ainsi que le traitement répété des IST chez certaines personnes potentiellement exposées à ce risque, augmentent la probabilité de sélection du XDR Shigelle souches. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour comprendre les différentes formes cliniques d’infection, et surtout s’il existe des formes asymptomatiques qui pourraient entraîner une propagation plus large de la bactérie. Les essais thérapeutiques sont également cruciaux pour identifier des antibiotiques oraux efficaces pour traiter ces XDR Shigelle souches.