Différences dans le microbiome entre les populations urbaines et rurales
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Une étude suggère des différences dans le microbiome entre les populations urbaines et rurales au Nigeria.
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Une analyse comparant les microbiomes des nourrissons et des adultes vivant dans les zones rurales et urbaines du Nigeria a révélé non seulement de nombreuses différences entre les adultes vivant dans des environnements de subsistance et urbains, mais aussi que ces variations commencent très tôt. L’étude a été publiée dans la revue Cell Reports.1
Sommaire
Des microbiomes différents dans la même zone géographique
Nous avons toujours supposé que les microbiomes des nourrissons étaient les mêmes partout et que les différences sont apparues plus tard dans la vie selon l’auteure principale Silvia Turroni du Département de pharmacie et de biotechnologie de l’Université de Bologne en Italie. Nous avons été surpris de constater que les microbiomes des nourrissons vivant dans les zones rurales manquaient de composants que nous avons longtemps cru être standard pour toutes les populations de nourrissons, notamment qu’ils étaient essentiellement dépourvus de Bifidobacterium. Le Bifidobacterium domine les microbiomes des nourrissons en Occident Ouest et a été considéré comme un élément clé d’une croissance et d’un développement sains.
Des études antérieures, qui ont analysé les microbiomes des sociétés rurales de chasseurs-cueilleurs, les ont généralement comparées à des populations urbaines éloignées en Europe ou aux États-Unis. Cette étude était unique en ce sens qu’elle s’intéressait aux Africains ruraux et urbains dans la même zone géographique. Les populations urbaines étudiées provenaient de 4 capitales de l’État au Nigeria et de la capitale nationale, Abuja.
Des microbiomes plus diversifiés chez les nourrissons
Cette recherche a été spécifiquement conçue pour combler les lacunes de connaissance sur la variation du microbiome intestinal humain, ainsi que le métabolome, par rapport aux modes de subsistance dans les populations géographiquement proches selon Funmilola Ayeni, premier auteur du Département de microbiologie pharmaceutique à l’Université d’Ibadan au Nigeria.
Un graphique qui illustre les différences de microbiome dans les populations nigérianes selon l’alimentation et le mode de vie – Crédit : Ayeni et al./Cell Reports
Cette étude était également unique parce qu’elle portait sur les microbiomes des nourrissons et des adultes. Pour cette étude, les nourrissons étaient définis comme des enfants de moins de trois ans. De façon inattendue, les chercheurs ont constaté que les nourrissons, vivant dans les zones rurales, avaient des profils de microbiome qui étaient globalement plus diversifiés et plus semblables à ceux des adultes.
Les ruraux inclus dans l’étude, une société agricole appelée Bassa, consomment un régime composé de tubercules, de céréales et de soupes à feuilles ainsi que d’eau non traitée. Le régime urbain contenait des aliments transformés et de l’eau traitée, mais avait plus d’éléments d’un régime alimentaire traditionnel nigérian que ce qui est observé dans les pays occidentaux. Les nourrissons des régions rurales recevaient des aliments autres que le lait maternel à un plus jeune âge que les nourrissons des régions urbaines.
L’impact considérable du régime alimentaire sur le microbiome
Même s’il ne s’agit que d’un facteur, le régime alimentaire est un élément important qui affecte la composition du microbiote intestinal. Les chercheurs ont constaté que la population rurale avait un niveau plus élevé de certaines espèces bactériennes qui sont importantes pour la digestion des fibres. En outre, lorsque les métabolites dans les échantillons ont été analysés, les populations rurales avaient des niveaux inférieurs d’acides aminés et d’amines biogènes ce qui suggère une consommation plus faible de protéines.
Il y avait quelques inconvénients à l’étude. D’une part, les gens de Bassa ne connaissent généralement pas leur âge exact. De plus, les données sur le genre n’ont pas été collectées pour les Bassa qui ont participé, donc les chercheurs n’ont pas pu voir s’il y avait des différences entre les sexes. Pourtant, les résultats étaient remarquables. Ce type d’étude a une profonde pertinence évolutionniste, car elles rappellent les modes de vie qui ont caractérisé l’histoire humaine, de la chasse et la cueillette de nos ancêtres paléolithiques à l’agriculture à petite échelle jusqu’au style de vie occidental postindustriel.
Les caractères microbiens et métaboliques spécifiques observés dans les populations traditionnelles, qui tendent à avoir des taux beaucoup plus faibles de maladies occidentales, pourraient nous aider à comprendre les mécanismes qui conduisent à la rupture de ces relations microbiome-hôte selon Ayeni. Cela pourrait également potentiellement conduire à une meilleure compréhension de l’inflammation et de la dérégulation immunitaire qui suit.
