Première tentative de carte des communautés bactériennes dans notre sol

Qu’est-ce qui vit dans nos sols ? Les chercheurs de l’Université du Colorado Boulder sont proches de compiler le premier atlas mondial des communautés bactériennes du sol et d’identifier un groupe d’environ 500 principales espèces qui sont communes et abondantes dans le monde entier.

La nouvelle étude, publiée dans la revue Science, réduit l’immense diversité des bactéries du sol à une liste des bactéries les plus recherchées qui guidera les futures recherches sur l’étude et la manipulation des microorganismes affectant le cycle des nutriments, la fertilité des sols et autres fonctions écologiques importantes.

Comprendre les bactéries dans nos sols

Avec cette recherche, nous avons commencé à ouvrir la boîte noire et à mieux comprendre les microbes qui vivent dans nos sols selon Manuel Delgado-Baquerizo, auteur principal de l’étude et chercheur postdoctoral à l’Institut coopératif de recherche en sciences de l’environnement (CIRES) à CU Boulder.

Les bactéries du sol représentent une grande partie de la biomasse vivante de la planète et elles facilitent les processus essentiels du sol tels que le cycle du carbone et la disponibilité des nutriments. Malgré leur étude pendant des décennies, les micro-organismes vivants dans le sol, même dans le sol d’une arrière-cour, sont encore mal compris en raison du nombre d’espèces par dizaines de milliers. La plupart des espèces restent non décrites, car elles ne correspondent pas aux données génomiques existantes et on n’a pas réussi à les cultiver dans un laboratoire.

Il est incroyable de constater notre méconnaissance sur les microorganismes les plus dominants dans le sol selon Noah Fierer, co-auteur de la nouvelle étude. De nombreuses de ces bactéries n’ont même pas encore de noms. Pour mener l’étude, les chercheurs ont prélevé des échantillons de sol dans 237 endroits différents sur 6 continents et 18 pays en couvrant toute une gamme de climats allant des déserts aux prairies en passant par les zones humides. Ensuite, ils ont utilisé le séquençage de l’ADN pour identifier les types de bactéries trouvées sur chaque site et déterminer quelles espèces sont communes entre différents types de sols.

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Les chercheurs ont constaté que seulement 2 % de tous les taxons bactériens, soit environ 500 espèces individuelles, représentaient systématiquement près de la moitié des communautés bactériennes du sol dans le monde.

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Des applications agricoles potentielles

Ayant été identifiées à la fois comme dominantes et omniprésentes, ces bactéries communes peuvent désormais être ciblées pour de futures recherches. Maintenant que nous avons cette liste, nous pouvons concentrer nos efforts de recherche pour catégoriser ces grands groupes et observer leur emplacement et leur fonctionnement selon Fierer, professeur agrégé au Département d’écologie et de biologie évolutive de CU Boulder.

Des recherches continues sur l’identité et la fonction des bactéries du sol pourraient mener à des applications agricoles à l’avenir. Finalement, le fait d’en savoir plus sur ces bactéries nous permettrait d’améliorer la santé du sol et la fertilité selon Delgado-Baquerizo. Il y a de nombreuses choses que nous pouvons faire avec ces nouvelles informations.

Source : Science (http://dx.doi.org/10.1126/science.aap9516)