Diversité des viroïdes et des agents apparentés aux viroïdes —
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Une équipe de chercheurs de la National Library of Medicine (NLM) et des instituts de recherche universitaires collaborateurs ont développé un pipeline informatique pour identifier et mieux comprendre les viroïdes et les ARN circulaires fermés de manière covalente de type viroïde (cccRNA, également appelés simplement ARN circulaires) . Il s’agit d’un type d’ARN simple brin qui, contrairement à l’ARN linéaire, forme un cercle continu fermé de manière covalente. Les résultats ont été publiés dans la revue Cellule.
Les viroïdes sont des ARN circulaires de seulement 250 à 400 nucléotides et sont les plus petits et les plus simples parmi les agents infectieux connus et on pense qu’ils ne provoquent des infections que chez les plantes. La diversité des ARN viroïdes et de type viroïde a été mal comprise, ce qui a conduit les chercheurs à enquêter davantage sur ces agents sous-viraux et leur abondance possible dans d’autres environnements et hôtes.
En recherchant dans une collection de 5 131 métatranscriptomes et 1 344 transcriptomes végétaux des cccRNA de type viroïde, les chercheurs ont découvert 11 378 cccRNA de type viroïde couvrant 4 409 grappes au niveau de l’espèce. Cette découverte était une multiplication par cinq par rapport aux éléments de type viroïde précédemment identifiés.
Au sein de cette collection diversifiée, les chercheurs ont découvert que cette classe distincte d’agents pathogènes n’est pas limitée dans sa propagation à quelques plantes comme on le pensait auparavant, mais qu’elle est commune et abondante dans toutes sortes d’environnements et d’hôtes, comparable aux virus à ARN les plus connus. De plus, des parents éloignés du virus humain de l’hépatite delta (hépatite D) ont été découverts, mettant en lumière l’origine de cet important agent pathogène humain, ainsi que des types de virus complètement nouveaux.
“Ce travail ouvre de nouvelles directions pour les chercheurs du monde entier”, a déclaré Eugene V. Koonin, PhD, co-auteur de l’étude et chercheur principal de la branche de biologie computationnelle du programme de recherche intra-muros du NLM. “Nous poursuivons actuellement des analyses de suivi”, a-t-il ajouté.
