Les chauves-souris sont le principal réservoir des coronavirus
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De nouveaux résultats suggèrent que les chauves-souris sont les principales porteuses des coronavirus qui provoquent le MERS-CoV ou le SARS-CoV dans le monde. Non, ce n’est pas nécessaire de sortir votre fusil de chasse.
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Les résultats d’une étude de 5 ans dans 20 pays sur 3 continents ont révélé que les chauves-souris hébergent une grande diversité de coronavirus (CoV), la famille de virus qui provoque le Syndrome respiratoire aigu sévère lié au coronavirus (SARS-CoV) et le Coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV). Les résultats de l’étude, menés, par des scientifiques du projet PREDICT financé par l’USAID est publié, dans la revue Virus Evolution. PREDICT est un effort globalement coordonné pour détecter et découvrir les virus à potentiel pandémique afin de réduire les risques pour de futures épidémies.
Avec la coopération des gouvernements locaux, les chercheurs ont échantillonné et testé 19 192 chauves-souris, rongeurs, primates non humains et humains dans les zones où le risque de transmission d’un animal à l’autre est le plus important incluant compris les sites de déforestation, d’écotourisme et de sanctuaires d’animaux. Les chercheurs ont identifié 100 coronavirus différents et ils ont constaté que plus de 98 % des animaux hébergeant ces virus étaient des chauves-souris ce qui représente 282 espèces de chauves-souris provenant de 12 familles taxonomiques.
En extrapolant aux 1 200 espèces de chauves-souris connues, ils estiment qu’un total de 3 204 coronavirus sont portés par des chauves-souris dans le monde dont la plupart n’ont pas encore été détectés et décrits. Ils ont également constaté que la diversité du coronavirus était en corrélation avec la diversité des chauves-souris avec un nombre élevé de CoVs qui étaient concentrées dans les zones où il y a la plupart des espèces de chauves-souris. Cela suggère que les coronavirus coïncident avec les familles de chauves-souris préférées.
Cette étude comble une énorme lacune dans ce que l’on sait de la diversité des coronavirus chez les animaux selon le premier auteur Simon Anthony, professeur adjoint d’épidémiologie en CII. Comprendre la diversité géographique et génétique des coronavirus chez les animaux est une première étape critique vers la compréhension et l’anticipation des virus spécifiques qui pourraient constituer une menace pour la santé humaine.
La première étape pour identifier les virus suspects
Les chercheurs ont utilisé la PCR, une technique qui cible une petite partie du génome viral pour localiser la position de chaque virus dans l’arbre généalogique de tous les coronavirus. Pour aller plus loin, les chercheurs ont utilisé un séquençage plus puissant du génome pour examiner de près les virus qui ressemblent à des menaces connues pour les humains. Dans une étude publiée en avril 2017, ils avaient rapporté qu’un virus de MERS-CoV n’avait pas les prérequis génétiques pour passer aux humains. C’est un signe que le MERS-CoV avait évolué pour être plus transmissible. Un effort similaire est en cours pour séquencer des virus similaires à SARS-CoV.
Les chercheurs rapportent des preuves préliminaires selon lesquelles les coronavirus dans les chauves-souris en Amérique latine étaient moins susceptibles que ceux en Afrique ou en Asie de “passer” en dehors de leur genre.
Cela signifie un risque relativement inférieur de transmission de chauve-souris sur ce continent. Cependant, les auteurs font attention à ce que ces différences régionales reflètent une variation de l’écologie des chauves-souris dans les différents domaines.
Pas besoin de masser les chauves-souris
Les chercheurs disent que leurs résultats ne doivent pas être interprétés comme un appel au massacre des chauves-souris. Les chauves-souris jouent un rôle important dans l’écosystème et la plupart des coronavirus qu’elles portent sont inoffensifs pour les humains. De plus, l’abattage peut avoir des conséquences imprévues, car cela peut augmenter le risque de transmission de la maladie comme en témoignent les études sur le virus de Marbourg et celui de la rage.
Notre objectif est de mettre en lumière l’écologie des interactions virus-hôte pour mieux comprendre et aborder les conditions qui provoquent des épidémies comme le SRAS et MERS selon l’auteur principal Tracey Goldstein, professeur agrégé à l’Institut One Health de l’Université de Californie, Davis.
