Les microbes urbains sortent de l'ombre


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    Cachés dans le chaos des plus grandes villes du monde, vivant parmi les personnes, les pigeons, les cafards et les rats, il existe un univers de bactéries, de virus et de parasites que les scientifiques commencent à peine à connaitre. Et les microbes sont partout, dans les trains, les routes, les ascenseurs, les parcs, les librairies et les écoles. La plupart sont inoffensifs, d’autres sont bénéfiques et quelques-uns provoquent des maladies et la mort. Mais la plupart sont inconnus pour les scientifiques.

    Une exploration dans la terre inconnue des microbes urbains

    Les chercheurs ont détaillé les premières explorations de cette terre inconnue de microbes urbains pendant une conférence intitulée Microbes qui s’est tenue le 19 juin à New York. Selon Joel Ackelsberg, épidémiologiste au département de santé et d’hygiène de New York : Nous sommes au début d’une des plus intéressantes explorations scientifiques, mais pour l’instant, nous connaissons très peu de choses sur cet univers. Et les chercheurs ne savent même pas par où commencer. Les analyses de détection ne sont pas toujours efficaces et il faut effectuer plusieurs méthodes pour avoir une vision globale des microbes qui pullulent dans nos villes. Mais cette exploration est nécessaire, car elle permettra d’améliorer la détection du bioterrorisme, la propagation des maladies ou la mesure de l’impact de catastrophes naturelles ou de la pollution. Selon Curtis Huttenhower, biologiste à la Harvard T. H. Chan School à Boston : Chaque mois, les techniques avancées permettent aux chercheurs de séquencer plus de 1000 génomes de microbes qui ont été collectés dans de nombreux environnements. Et pour Christopher Mason, généticien au Weill Cornell Medical College à New York : C’est une quantité phénoménale de données, mais le problème est qu’on ne sait rien de ces données. Ce chercheur a conduit une étude qui a permis de collecter de l’ADN provenant du métro de New York et il a découvert 1700 taxons connus qui sont des bactéries généralement inoffensives. Mais l’étude a également montré que 48 % des matériaux génétiques collectés n’ont pas pu être identifiés. Selon Masson : cela signifie qu’on ne connait pas la moitié du monde qui se trouve sous nos doigts.

    Les microbes nous apprennent beaucoup de choses sur les événements d’une ville

    Mais on tente de cartographier ce Nouveau Monde des microbes. L’initiative MetaSUB (Metagenomics and Metadesign of Subways and Urban Biomes) ambitionne d’identifier le matériau génétique qu’on trouve dans les systèmes des transports publics de 16 grandes villes dans le monde. Cette initiative veut élucider le mystère des microbes qui connaissent une propagation fulgurante dans certaines situations. Par exemple, les ouragans laissent des traces après leur passage. Des mois après le passage de l’ouragan Sandy à New York en 2012, des chercheurs ont retrouvé de l’ADN de bactéries qui provenaient d’environnement marin ou de poissons. Mais la plupart de ces organismes sont inoffensifs. Pendant la conférence, Huttenhower a décrit une étude du système de transport de Boston dans laquelle on avait trouvé une flore similaire. Et selon lui, chacun de ces organismes est confronté tôt ou tard à notre peau. Il note aussi que les personnes se méfient des barres métalliques dans les trains, car elles pensent qu’elles sont infectées de microbes. En fait, ces barres métalliques contiennent moins de bactéries que les chaises ou les accoudoirs en plastique.

    Selon Jack Gilbert, microbiologiste à l’Argonne National Laboratory en Illinois : Les microbiomes dans les maisons tendent à correspondre avec les habitants de cette maison. Mais ces microbes sont capables de s’adapter rapidement si les occupants de la maison changent. Lui et ses collègues décrivent les résultats d’une étude portant sur 10 maisons. Et ils ont découvert que les microbes s’étaient adaptés en moins de 24 heures après qu’il y ait eu de nouveaux locataires dans une maison. Et on étudie également les rats. Alyssa Ammazzalorso, de la faculté de médecine Albert Einstein à New York : Des souris à pattes blanches (Peromyscus leucopus) à New York transportaient davantage de bactéries telles que l’Helicobacter et l’Atopobium qui sont associés avec les ulcères de l’estomac et la vaginose chez les humains par rapport aux mêmes souris qu’on trouve dans des milieux suburbains. Et les rats dans les villes transportent de nombreuses bactéries qui peuvent poser des problèmes aux personnes. Ainsi, Ian Lipkin, directeur du Center for Infection and Immunity à la l’université de Columbia à New York a rapporté une étude où son équipe avait découvert des rats qui transportaient des pathogènes tels que l’Escherichia coli (forme pathogène pouvait créer des infections intestinales), le Clostridium difficile (diarrhée nosocomiale), la Salmonella enterica (fièvre typhoïde) et la souche de Séoul de l’Hantavirus. Ce dernier peut être un virus mortel s’il se transmet aux humains.

    Une augmentation des microbes résistants aux antibiotiques dans les villes

    Des échantillons d’eaux usées provenant des centres de traitement à New York ont également montré une grande quantité de gènes qui sont résistants aux antibiotiques. Elles ont été découvertes par Susan Joseph et Jane Carlton qui sont des spécialistes en génomique au Center for Genomics and Systems Biology à New York. Étant donné que l’environnement humain est très riche en antibiotique, les eaux usées sont l’environnement idéal pour que ces bactéries puissent développer une résistance aux antibiotiques. Et enfin, Martin Blaser, directeur du programme Human Microbiome à l’école de médecine de New York a déclaré que la croissance des microbes résistants entraine une baisse de la diversité des microbes chez les humains qui habitent dans les grandes villes. Lui et ses collègues expliquent que les Occidentaux possèdent moins de bactéries qui les protègent par rapport à des groupes de personnes isolées telles que les Yasonami dans la forêt de l’Amazonie.

     

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