Elizabethkingia : Une mystérieuse maladie provenant des hôpitaux
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Une espèce de la bactérie Elizabethkingia provoque une étrange maladie chez les habitants du Wisconsin. Des hypothèses suggèrent que cette bactérie pourrait se transmettre dans les milieux hospitaliers.
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De temps en temps, un microbe rare ou un inconnu pointe le bout de son nez pour provoquer des maladies chez les humains. Cela peut être un microbe antérieur inoffensif qui a muté, une maladie animale qui est passée aux humains ou que des humains rencontrent de nouveaux habitants et les épidémiologistes classent ces microbes dans une catégorie large appelée maladie infectieuse émergente ou ré-émergente.
Les derniers membres dans ce club dangereux sont des espèces de bactéries de la famille Elizabethkingia. Elizabethkingia a été nommé en l’honneur d’Élisabeth King. Le microbe est fréquent dans l’environnement, notamment dans les entrailles des moustiques Anopheles. On connait 4 espèces, mais la plus problématique pour les humains est l’E.Anophelis qui est résistante à plusieurs antibiotiques. Selon le CDC, la bactérie est responsable de 20 morts dans une épidémie en cours dans le Midwest américain (principalement au Wisconsin) et cette bactérie affecte principalement les vieux en mauvais état de santé. Actuellement, on ignore la source de l’épidémie.
Pour mieux comprendre cette bactérie énigmatique, un groupe de chercheurs français ont séquencé le génome de 2 isolats d’E.Anophelis provenant de la République centrafricaine qui avaient provoqué la méningite chez les nouveaux nés. Ensuite, ils ont comparé ces séquences avec celles des isolats d’Elizabethkingia dans le monde entier. Leurs résultats ont été publiés dans Scientific Reports.
Les auteurs ont utilisé les séquences du génome pour construire un arbre phylogénétique (on peut le comparer à un arbre généalogique) à partir duquel ils ont inféré 2 relations évolutionnaires ainsi que des sources géographiques potentielles d’isolats.
L’arbre phylogénétique de la bactérie Elizabethkingia – Crédit : Breurec et al., Sci Rep 2016. DOI: 10.1038/srep30379
Comme on le voit dans l’image ci-dessus, l’analyse divise l’E.Anophelis en 2 lignées, A et B. La lignée A qui contient les échantillons africains (sous-lignée 5), contient aussi des sous-lignées de Hong Kong (sous-lignée 4) ainsi que celles de Singapour (sous-lignée 2), mais également des moustiques (sous-lignée 1). L’arbre phylogénétique suggère que les sous-lignées 1, 4 et 5 sont très proches suggérant que les échantillons africains sont similaires aux souches isolées de Hong Kong et celles provenant des moustiques.
Mais les isolats africains ne proviennent pas des moustiques puisqu’on les a collectés de nouveau nés sous aérateur dans un environnement hospitalier. De plus, certaines souches dans les sous-lignées 2 et 3 provenaient aussi d’environnement hospitalier. Les auteurs s’inquiètent, qu’en dépit d’être associés avec des moustiques et l’environnement, l’Elizabethkingia peut être transmis dans les hôpitaux comme d’autres microbes dangereux. Et à cause de sa résistance à de multiples antibiotiques, ce n’est pas forcément une bonne nouvelle. Le personnel de santé dans le Midwest devra prendre en compte ces nouvelles découvertes.
